Em 2006 foi elaborado o segundo plano de metas, denominado Plano Estratégico de Gestão Institucional (PEGI), abordando o critério “estratégias e planos”. A principal medida implementada foi a adoção da metodologia “Gerenciamento pelas Diretrizes” (GPD), que foi definido como o “sistema de gestão que promove condições para o estabelecimento e a execução das diretrizes anuais do TJ, por meio do desdobramento de metas e ações nos diversos níveis hierárquicos”.